首先，合理确定各生态治理主体在生态治理中的关系和地位。政府、企业、公众和社会组织都是生态治理的重要主体，这当中应该由谁来发挥主导作用、由谁发挥次要作用，以及政府该怎么样更多采用经济的、法律的还是行政的手段履行生态治理职责，并无一定之规。但是，无论如何处理上述主体之间的关系，无论如何搭配上述三种手段，都一定要坚持一条根本原则，这就是达到生态文明建设总体效应的最大化。由于各个国家国情不同，即使相似体制的国家间也存在历史、文化、传统习俗等多方面差异，因而泛泛而谈应该采用哪个国家的生态治理模式是毫无意义的，不顾国情而照搬别国模式只会损害本国生态治理效益，甚至造成难以挽回的灾难性后果。从大的方向看，多元协同治理是更适合现代社会的治理方式。但该怎么样达到协同，不同的国家则见仁见智。对我国来说，应该更好地发挥政府的主导和监管作用，发挥企业的积极性和自我约束作用，发挥社会组织和公众的参与和监督作用，并在此基础上开展各主体相互协调、协同合作的协同治理。同时，加强生态治理的制度化、法治化建设和市场体系建设，政府区分不一样的情况合理采用经济、法律和行政手段，是尊重我国现实国情的明智选择。
其次，实现生态治理方式的创新。积极推行“规则之治”。现代社会是规则社会，规则是社会秩序的基础和保障。推进生态治理方式现代化，必须强调社会行为的规范性、社会秩序的规则性，不断推进全体社会成员法治意识的培育和对法律规则的遵循。积极发挥“市场之治”。现代社会是市场机制覆盖社会生活各领域、国内与国际乃至全球的社会，离开市场几乎寸步难行。因此，推进生态治理方式现代化，必须构建更多运用经济杠杆进行环境治理和生态保护的市场体系，着力解决市场主体和市场体系发育滞后、社会参与度不高等问题。积极倡导“文化之治”。现代社会是文明社会，而文化是文明的源头和展开。我国古代即有“天人合一”的文化思想，马克思主义也一贯批评对资源无节制开发掠夺的资本主义生态观，中国特色社会主义理论体系更是提出了实现人与自然和谐的目标。因此，推进生态治理方式现代化，必须充分的发挥中华先进生态文化教化人心、润物无声的作用，把先进的生态文化置于生态治理体系之中，加强生态文明宣传教育，把生态治理理念深植于人们内心，转化为建设生态文明的自觉行动，增强全民节约意识、环保意识、生态意识，形成合理消费的社会风尚，营造爱护生态环境的良好风气。慢慢地增加“科技之治”。现代社会是科学技术高度发达的社会，也是科学技术发挥慢慢的变大作用的社会。在现代社会，先进的科学技术手段是实现从工业文明向生态文明转变的根本保证，科技成果的应用也将极大提高生态治理的效率和效果。比如运用互联网和信息技术等手段能扩大治理主体参与治理的途径和方式，运用卫星技术等手段能轻松实现对国土资源状况的实时监测，运用现代生物技术等手段可以轻松又有效治理生态环境污染。因此，推进生态治理方式现代化，必须积极开拓互联网时代的生态治理方式，拓宽公众有效参与生态治理的渠道;加大科技投入，加强资源节约、环境友好、治污减排等技术的研发和应用，提升绿色经济、低碳经济和循环经济在国民经济中的比重。
推进生态治理机制现代化，就要依据ECO内在的高度多样性和复杂性规律，按照经济、政治、文化、社会、生态文明建设“五位一体”的要求，建立涵盖资源节约、环境保护、生态保育、空间优化、产业升级、社会转型、科学技术创新、绿色文化、生产生活方式绿色化等各领域系统性、完整性、科学性的制度体系，健全国土空间开发、资源节约利用、生态环境保护的体制机制，构建人与自然和谐发展现代化建设新格局。
第一，完善有利于生态治理的市场机制。推进生态治理机制现代化，首先要适应社会主义市场经济体制的要求，充分的发挥市场的作用，把市场作为配置生态资源的重要手段，通过调控市场信号对经济行为主体进行引导，激励企业发挥在生态治理中的主体作用。为此，应该健全自然资源资产产权制度，以此作为发挥市场配置生态资源作用的制度基础。同时，深化资源性产品价格和税费改革，凡是能由市场形成价格的都交给市场，构建符合市场规律的自然资源定价机制，建立反映市场供求和资源稀缺程度、体现生态价值和代际补偿的资源有偿使用制度和生态补偿制度，建立排污权和碳排放交易制度等，形成有利于生产方式绿色化的激励机制。
第二，构建完善的生态治理协调机制。推进生态治理机制现代化，必须构建完善的生态治理协调机制。一是通过建立信息沟通机制、环境危机事件应急机制、合作约束和监督机制等，加强地方政府间的生态治理合作，实现政府部门内部和区域之间横向、纵向的治理协调。理顺各部门生态治理职能，形成责权对等的分工协同机制，建立区域流域环保联防联控机制，并根据确保效能和提高效率的原则，将分散在各部门的生态治理职能集中起来，建立健全生态文明建设的领导机制和部门联动机制，提高政府部门在生态治理中的统筹施策能力。二是完善生态治理公众参与机制。坚持政府主导、多方参与、全民行动的原则，建立和完善环境信息公开制度，使公众具有环境知情权;完善听证会、座谈会、民意调查、环境影响评价的公众参与制度等，构建合理、高效、制度化的参与渠道。三是注重发挥新闻媒体的舆论引导和监督作用，培育节能环保志愿者组织，引导和支持公众自觉参与生态治理。
第三，形成现代化的生态文明和生态治理法律体系。推进生态治理机制现代化，必须加快形成现代化的生态文明和生态治理法律体系。立法是最高层次的顶层设计，必须与时俱进地完善生态治理的法律体系，制定、修改、完善有关规定法律法规，推进依法治理生态环境。目前我国还缺乏生态文明建设和生态治理的统领性法律，关于生态治理的法律条文分散在资源节约、环境保护、生态建设的各种法律和法规中，缺乏系统性，甚至法条之间有矛盾。生态治理的内容涉及经济社会各方面，统领性法律的缺乏，显然不利于将生态文明融入到经济、政治、文化和社会建设的每个方面和全过程，不利于推进生态治理现代化。而且，现有的有关生态治理的法律条文大多缺少刚性约束，在执行中的自由裁量空间比较大，降低了促进生态治理的效果。因此，形成现代化的生态文明和生态治理法律体系是中国特色生态治理现代化的一项重要任务，必须把它摆上重要议程加以切实推动。
第四，建立生态科技发展促进机制。推进生态治理机制现代化，必须加快建立生态科技发展促进机制。应充分的利用我国生态科技的后发优势，通过建立生态科技的风险投资基金、实行税收优惠、加大贷款等资金支持等方式，鼓励企业不断开发新能源技术，全力发展环保技术，努力开创新产业技术，加快科学技术的升级换代，促进经济结构的优化转型。加强生态科学技术基础研究领域重点项目的联合攻关，开展能源节约、资源循环利用、新能源开发、污染治理、生态修复等领域关键技术攻关，为企业技术创新提供基础理论和元创新支持。将重大生态科学技术标准上升为国家法律，从制度层面确保生态治理的科学性、先进性。
第五，建立生态环境治理的政绩考核机制。推进生态治理机制现代化，必须建立生态环境治理的政绩考核机制。把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会持续健康发展评价体系，加大其考核权重，建立反映资源环境效益的生态文明建设评价与政府考核体系。对领导干部实行自然资源资产和环境离任审计，建立生态环境损害责任终身追究制度。
第六，建立生态文明建设的宣传教育机制。在调节人们行为的各种各样的因素中，人的观念等软性规则往往有着更深入、更持久的作用。因而应从推进生态治理机制现代化的高度，抓紧建立健全生态文明建设的宣传教育机制，开展全民生态教育，把生态环境治理教育作为国民素质教育的重要内容，纳入大中小学的课程教学体系。采取丰富多彩的形式加大生态文明宣传力度，深化各类群众性精神文明创建活动，培育普及生态文化，提高生态文明意识，倡导绿色生活方式，形成崇尚生态文明、推进生态文明建设的良好氛围。加强对企业经营者的宣传力度，加强企业生态社会责任感，激励企业始终把环境保护贯穿于生产全过程，形成“以保护生态环境为荣、破坏生态环境为耻”的良好道德风尚。
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